Der größte Unterschied zwischen Biokäse und konventionellem Käse liegt in dem Rohstoff Milch. „Bio-Kühe“ haben eine größere Stallfläche. Der tägliche Weidegang und die Haltung auf Stroh sind vorgeschrieben. Um Milch zu erzeugen, muss die Kuh regelmäßig kalben. In Bio-Betrieben erhält das Kalb in den ersten 12 Wochen seines Lebens ausschließlich das natürlichste Futtermittel Milch und wird nicht wie bei der konventionellen Haltung mit Milchersatzstoffen gefüttert.

Zudem werden Bio-Kühe möglichst mit vor Ort selbst erzeugten Bio-Futtermittel versorgt. Das heißt: In den Sommermonaten besteht das Futter überwiegend aus frischem Gras von den Weiden, während im Winter Heu und Silage und zu einem geringem Anteil Bio-Kraftfutter verfüttert wird. Gentechnisch verändertes Futter ist bei Öko-Kühen tabu.

Je mehr frisches Gras, Heu, Klee oder Kräuter und Wildblumen an die Kühe verfüttert werden, desto besser für das Tier und somit für die Natur als auch den Geschmack der Milch. Darüber hinaus enthält Milch aus viel Grünfutter nachgewiesen mehr gesunde mehrfach ungesättigte Fettsäuren.

Verboten sind laut EG-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau Konservierungsstoffe in Käserinde wie zum Beispiel Natamycin (E235). Viele konventionelle Hersteller sprühen das Antibiotikum auf die Käserinde, um Schimmelpilze abzutöten. Darüber hinaus dürfen bei einem Bio-Käse keine künstlichen und naturidentische Aromen, synthetische Vitamine, Beta-Carotin zur Käsefärbung, und Konservierungsstoffe bei der Käsereifung eingesetzt werden.